Berdirinya Desa Keraitan tidak terlepas dari sejarah Masyarakat Kutai di Kabupaten Kutai Timur. Penduduk asli Desa Keraitan adalah salah satu suku pedalaman di pulau Kalimantan, yaitu Suku Dayak Basap. Terbentuk tahun 1958, Desa Keraitan awalnya adalah sebuah kampung yang terletak di Muara Sungai Keraitan, yaitu Kampung Keraitan Lama.

    Kampung Keraitan Lama merupakan salah satu kampung tertua di Kecamatan Bengalon, yang saat itu masih berupa Kecamatan Tenggarong. Seiring berjalannya waktu, Kampung Keraitan Lama masuk dalam wilayah administrasi Kecamatan Bontang, yang kemudian berganti lagi menjadi Kecamatan Sangatta. Hingga akhirnya saat ini Kampung Keraitan Lama berada dalam wilayah administrasi Kecamatan Bengalon, Kabupaten Kutai Timur.

    Sejak berdiri tahun 1958, Kampung Keraitan sangat sulit dijangkau karena satu-satunya akses jalan masuk ke desa adalah melalui hutan rimba dengan berjalan kaki atau melalui perairan dengan menggunakan perahu. Hingga pada tahun 1980 dengan diprakarsai oleh Pemerintah Kecamatan Bontang, pusat Kampung Keraitan dipindahkan ke daerah Bajang Tidung. Pada tahun 1994 Kecamatan Bontang berganti menjadi Kecamatan Sangatta. Tahun 2000 pusat Desa Keraitan dipindahkan ke daerah Segading. Tahun 2005 terjadi perubahan dimana Desa Keraitan yang awalnya berada dalam wilayah administrasi Kecamatan Sangatta berganti menjadi Kecamatan Bengalon. Pada Tahun 2010 Desa Keraitan mendapatkan bantuan dari Pemerintah melalui PT. KPC dalam Program Resetlement yaitu pemukiman kembali yang lebih baik sebagai Desa Budaya, yang kemudian diresmikan Bupati Kutai Timur pada tahun 2012.